Trong số nhiều giải thưởng trong các năm tiếp theo, năm 1903 Dunant được trao một bằng tiến sĩ danh dự của Phân khoa Y học trường Đại học Heidelberg. Ông sống trong nhà dưỡng lão ở Heiden cho tới chết. Trong những năm cuối đời, ông bị chứng trầm uất (depression) và chứng hoang tưởng (paranoia) cho là mình bị các chủ nợ và Gustave Moynier truy hại. Đã có những ngày Dunant khăng khăng đòi người nấu thức ăn ở nhà dưỡng lão phải nếm thức ăn trước mắt ông, để bảo đảm là thức ăn không có thuốc độc. Mặc dù vẫn loan truyền đức tin Kitô giáo, trong những năm cuối đời ông thường bác bỏ và tấn công giáo thuyết Calvinism và tôn giáo, nói chung.

Theo các y tá chăm sóc ông, việc cuối cùng trong cuộc đời là ông gửi một bản sách của Müller tới hoàng hậu Ý vời lời đề tặng cá nhân. Ông từ trần ngày 30.10.1910, sống lâu hơn oan gia Moynier đúng 2 tháng. Mặc dù có lời chúc mừng của Ủy ban quốc tế Chữ thập đỏ trong buổi trao tặng giải Nobel Hòa bình, hai đối thủ (Dunant và Moynier) không hề giảng hòa với nhau.

Theo nguyện vọng của mình, ông được an táng không có lễ nghi trong Nghĩa trang Sihlfeld ở Zürich. Trong ý nguyện, ông cho tiền lập quỹ để bảo đảm các giường miễn phí trong nhà dưỡng lão Heiden luôn luôn dành cho các người nghèo trong vùng, và chuyển nhượng một số tiền cho các bạn bè cùng các tổ chức từ thiện ở Na Uy và Thụy Sĩ. Số tiền giải thưởng còn lại, được trả một phần cho các chủ nợ để giảm bớt món nợ của ông. Sự không đủ khả năng trả hết nợ là gánh nặng chủ yếu của ông cho tới khi qua đời.

Sinh nhật của ông, ngày 8 tháng 5, được lấy làm Ngày Chữ thập đỏ và Trăng lưỡi liềm đỏ thế giới (World Red Cross and Red Crescent Day). Nhà dưỡng lão cũ ở Heiden nay là nhà bảo tàng Henry Dunant. Tại Genève và các nơi khác, có vô số đường phố, quảng trường, trường học đặt theo tên ông. Huy chương Henry Dunant, được Ủy ban thường trực Phong trào Chữ thập đỏ và Trăng lưỡi liềm đỏ quốc tế trao mỗi 2 năm một lần, như huy chương cao quý nhất của tổ chức này.

Cuộc đời của ông được thể hiện, với vài yếu tố hư cấu, trong phim D'homme à hommes (1948), do Jean-Louis Barrault đóng vai chính, và quãng đời của ông khi thành lập Phong trào Chữ thập đỏ được thể hiện trong phim hợp tác sản xuất quốc tế Henry Dunant: Red on the Cross (2006).